¿Cómo puedo comprimir en un directorio de destino diferente?

Pide a gunzip que salga por la salida estándar y redirija a un archivo en ese directorio:

gunzip -c file.gz > /THERE/file

zcat es un atajo para gunzip -c.

Si quiere comprimir varios archivos, itere sobre todos los archivos:

for f in *.gz; do
  STEM=$(basename "${f}" .gz)
  gunzip -c "${f}" > /THERE/"${STEM}"
done

(aquí se utiliza basename para obtener la parte del nombre del archivo sin la extensión)

Si necesita extraer un solo archivo y escribir en un directorio propiedad de la raíz, entonces use sudo dd:

zcat filename.conf.gz | sudo tee /etc/filename.conf >/dev/null

Si el archivo proviene de una fuente remota (es decir, ssh, curl https, etc), puede hacerlo así:

ssh remoteserver cat filename.conf.gz | zcat | sudo tee /etc/filename.conf >/dev/null

(Tenga en cuenta que estos ejemplos sólo funcionan para un solo archivo, a diferencia del ejemplo *.gz, que son todos los archivos comprimidos en el directorio).

Puede probar con > para redirigir el resultado al lugar que desee.