El problema
Al contrario que en Linux, Windows no puede particionar ni utilizar correctamente un UFD particionado (USB Flash Drive); es decir, si se conecta un UFD particionado, sólo será visible la primera partición.
La solución
La solución debe abordar dos problemas: particionar y hacer visibles las particiones. En cuanto al primero, una opción es usar Linux, quizás una distro live específicamente dirigida a la creación de imágenes y al particionado, como Clonezilla . También hay herramientas gratuitas para Windows como Bootice .
La segunda tarea es hacer que todos (no sólo el primero) sean utilizables en Windows. Una opción desaconsejada es utilizar herramientas que volteen el bit del medio extraíble, ya que pueden dañar los sticks incompatibles.
Una mejor manera es instalar un filtro. Un programa similar a una unidad de disco, que les añade una funcionalidad extra. En nuestro caso haciendo que un UFD aparezca como unidad fija. Ver por ejemplo Karyonix diskmod.sys discutido en reboot.pro .
Efectos secundarios y usos alternativos
Dado que Windows sólo puede ver la primera partición del UFD sin un filtro, uno puede hacer que algunos archivos de Linux sean invisibles para un usuario de Windows, almacenándolos en una partición distinta a la primera.
Un caso especial es el de una distro Linux de pluma . Si quieres usar el bolígrafo para almacenar documentos también y no quieres que en Windows los archivos del SO Linux sean visibles, simplemente no instales el Linux en la primera partición.