En lugar de Movie Rotator o MPEG StreamClip (de squared5.com), que son aplicaciones limitadas, recomendaría AVIDemux . Es un editor de vídeo de código abierto que puede, entre otras cosas, abrir archivos MOV y guardarlos como AVI sin pérdida, o procesarlos y aplicar filtros como la rotación.
AVIDemux es útil, por ejemplo, cuando tienes un vídeo que fue rotado sólo durante parte de su duración, por ejemplo cuando el operador de la cámara cambió del modo retrato (e. por ejemplo, grabando el discurso de una persona) al modo apaisado (por ejemplo, para grabar la reacción del público).
Pero sobre todo, recomendaría evitar los productos de Apple que emiten vídeos en formato .MOV.