El problema descrito en la pregunta ocurre cuando un documento vacío/nuevo está configurado como “ANSI”, y se pegan en él caracteres Unicode .
No hay ninguna autodetección cuando se usa con un documento vacío/nuevo, al menos no en la versión de Notepad++ en la que lo he probado (v5.4.5). “ANSI” es el predeterminado en Notepad++ para un nuevo documento, a menos que se configure en el menú Configuración → Preferencias → pestaña Nuevo documento/Abrir directorio de guardado.
Solución
La solución es establecer la codificación a UTF-8 antes de pegar, menú Formato → Codificar en UTF-8:
Ejemplo
He copiado un texto en un nuevo documento de Notepad++, Ruso (русский язык, russkiy yazyk), desde Firefox mostrando la página de Wikipedia idioma ruso _.
Si la codificación no se cambia de “ANSI” este es el resultado:
Si la codificación se cambia este es el resultado:
Como se puede ver en la figura de abajo (la parte de cirílico está resaltada), el Bloc de notas++ realmente convierte los caracteres Unicode en ASCII 63 (hexadecimal 3F), signos de interrogación. Por eso los caracteres Unicode se pierden (en modo “ANSI”) al copiar el texto a través del portapapeles (no es _un problema de fuente - la información se pierde).
Probado en: Notepad++ v5.4.5 (UNICODE).