En cuanto a la eficiencia espacial, los tamaños de las unidades de asignación más pequeñas funcionan mejor. El promedio de espacio desperdiciado por archivo será la mitad de la AUS elegida. Así que 4K desperdicia 2K por archivo y 64K desperdicia 32K. Sin embargo, como señala Jonathon, las unidades modernas son enormes y no vale la pena preocuparse por un poco de espacio desperdiciado y esto no debería ser un factor determinante (a menos que esté en una unidad SSD pequeña).
Compare 4K vs 64K de promedio de desperdicio de caja (32K-2K = 30K), para 10.000 archivos que sólo salen a 300.000KB o alrededor de 300MB.
En lugar de eso, piense en cómo el SO utiliza el espacio. Digamos que tienes un archivo de 3K que necesita crecer 2K. Con un AUS de 4K los datos necesitan ser divididos en dos bloques - y puede que no estén juntos, por lo que se obtiene una fragmentación. Con un AUS de 64K hay muchos menos bloques a los que seguirle la pista y menos fragmentación. 16 veces el tamaño de los bloques significa 1/16 del número de bloques que hay que tener en cuenta.
Para un disco multimedia donde se almacenan tus fotos, música y vídeos (archivos típicamente de 1MB+) utilizo el AUS más grande. Para una partición de arranque de Windows utilizo el Windows default (que es 4K para cualquier unidad NTFS menor de 16TB).
Para averiguar cuál es el tamaño del clúster en un disco existente:
fsutil fsinfo ntfsinfo X: