Concat demuxer
El concat demuxer fue añadido a ffmpeg 1.1. Si tu versión de ffmpeg es demasiado antigua, obtén el binario estático más reciente desde aquí: http://www.ffmpeg.org/download.html
Instrucciones
Crea un archivo mylist.txt
con todos los archivos que quieras tener concatenados de la siguiente forma (Las líneas que empiezan con un guión son ignoradas):
# this is a comment
file '/path/to/file1'
file '/path/to/file2'
file '/path/to/file3'
Nota que estas pueden ser rutas relativas o absolutas. Entonces puedes codificar tus archivos con:
ffmpeg -f concat -i mylist.txt -c copy output
Es posible generar este archivo de lista con un bash para el bucle, o usando printf. Cualquiera de los siguientes generaría un archivo de lista que contiene cada *.wav en el directorio de trabajo:
for f in ./*.wav; do echo "file '$f'" >> mylist.txt; done
printf "file '%s'\n" ./*.wav > mylist.txt
Fuente: ffmpeg wiki