GitHub - se han estropeado completamente los archivos locales de gitHub en mi ordenador

He creado un repo en la carpeta equivocada. Es decir, la carpeta de usuario en el sistema operativo, donde están todas las carpetas de usuario, desde las fotos y los vídeos hasta los documentos. Así que empujé todo eso a gitHub sin saber y ahora no puedo crear un repo más porque los archivos con los que trabajo están en la carpeta de documentos, que está dentro de la carpeta de usuario. Y me da a entender que estoy creando un repo dentro de un repo. Así que cuando voy a la terminal y ejecuto git status, me muestra esto

# On branch master
# Your branch and 'origin/master' have diverged,
# and have 2 and 4 different commits each, respectively.
#
# Changes not staged for commit:
# (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
# (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
# deleted: Documents/m3/m3---Best-Game-Ever
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/CCLab_2/cclab_sketch_1/src/Boxes.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/CCLab_2/cclab_sketch_1/src/Boxes.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ball_bouncing/Ball.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ball_bouncing/Ball.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/bouncing_ball_classes/src/ball.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/bouncing_ball_classes/src/ball.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround2.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround2.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround2.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround2.h
# deleted: README.md
#
# Untracked files:
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
# .Trash/
# .bash_history
# .dropbox/
# .openmdao/
# .ssh/
# Documents/2nd_semester/
# Documents/Arduino/
# Documents/OpenMDAO/
# Documents/Personal/
# Documents/T.A/
# Documents/gitHub/
# Documents/mySite/
# Documents/openFrameworks/
# Documents/resources/
# Documents/webcam-pulse-detector-master/
# Dropbox/
# Library/
# Music/
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

Ni que decir tiene que nunca soy capaz de sacar nada. Dice que todo está actualizado. En algún momento tuve un repo que subía esas carpetas sin los archivos a gitHub pero lo borré.

¿Alguna sugerencia?