Las versiones recientes de Windows Defender en Win7/Win8, al estar integradas en Windows, son explícitamente compatibles (gracias a los cambios realizados por otros proveedores de antivirus, así como a los cambios realizados por la propia Microsoft) con la mayoría de los antivirus de terceros. Es decir, no verás BSODs, etc. si estás usando la última versión de Windows Defender combinada con la última versión de cualquier programa antivirus de terceros que se precie.
Tu pregunta era está bien. Sí, está bien. Tu PC no se bloqueará. Puede que funcione más lento; puede que funcione mucho más lento – pero funcionará.
Te darás cuenta de que, si utilizas ciertos sitios web que pasan tu carga por más de 40 escáneres de virus, casi todos los ejecutables que puedas encontrar marcarán algo en al menos un escáner de virus. Por otro lado, los virus reales que son maliciosos sólo serán detectados por algunos de los escáneres de virus, mientras que otros no.
Si fueras súper paranoico, podrías instalar numerosos escáneres de virus y dejar que todos ellos hicieran un “escaneo en acceso” a la vez. Esto llevaría a la CPU por las nubes cuando se escribiera en el disco, y obtendrías un montón de falsos positivos, pero funcionaría. Recuerde que, aunque aumenta marginalmente las posibilidades de encontrar programas maliciosos reales al ejecutar más escáneres de virus, también aumenta dramáticamente las posibilidades de falsos positivos. Así que estarás constantemente haciendo clic en cuadros de diálogo y ventanas emergentes de “¡cállate, no pasa nada! Con 40 escáneres de virus sería completamente inmanejable.
Sin embargo, TWO escáneres de virus no es algo inaudito. Por ejemplo, puedes usar Windows Defender y Malwarebytes, o Norton y Kaspersky, o AVG y McAfee. Depende de los productos en los que hayas invertido, de los productos en los que confíes y de los que no, y de lo mucho que investigues en Internet para determinar la fiabilidad y las prácticas empresariales de cada empresa, a la hora de seleccionar los escáneres antivirus.
El resumen de la historia es que actualmente, en 2014, la última versión de Windows Defender más la última versión de los escáneres de virus de "primer nivel” (es decir, los que son ampliamente considerados como realmente buenos) no entran en conflicto – no hay ningún problema de compatibilidad. Este consejo se aplica principalmente a Windows 7 y posteriores; no puedo hablar de los sistemas operativos más antiguos. Pero notará una degradación del rendimiento si ejecuta más de dos escáneres de virus. Para dos en sí, no creo que lo notes realmente. Yo personalmente ejecuto Windows Defender _y Malwarebytes.
Ten en cuenta también que algunos escáneres de virus pueden elegir, como parte de su programa de instalación, desactivar Windows Defender para ti, asumiendo que su escáner de virus es el único que podrías querer. En ese caso, son compatibles, pero sólo te beneficias de las capacidades de escaneo de virus de un escáner, no de dos.