leyendo http://en.wikipedia.org/wiki/Favicon también puedes encontrar que:
El siguiente formato es compatible con todos los navegadores y es soportado por Internet Explorer, Firefox, Chrome, y Opera.[3]
<link rel="shortcut icon" href="http://www.example.com/myicon.ico" />
Adicionalmente también es aceptable:
<link rel="shortcut icon" href="/somepath/myicon.ico" />
Lo siguiente muestra el formato soportado de etiquetas de enlace, usando ejemplos, para HTML y XHTML.
HTML:
<link rel="icon" type="image/vnd.microsoft.icon" href="http://example.com/image.ico">
<link rel="icon" type="image/png" href="http://example.com/image.png">
<link rel="icon" type="image/gif" href="http://example.com/image.gif">
Entonces, la práctica común es, de hecho, poner un archivo llamado ‘favicon.ico’ en la carpeta raíz, pero para estar seguro, tienes que buscar el código fuente del archivo servido y ver si y qué es lo que está definido allí.
por ejemplo, para http://superuser.com es
<link rel="shortcut icon" href="http://sstatic.net/su/favicon.ico">