Tuve este problema y utilicé con éxito la idea de mover y/o eliminar elementos de forma incremental.
No pude mover una carpeta con dos subcarpetas y archivos. Era una carpeta antigua, así que no había forma de que nada imaginable la estuviera usando. Utilicé el monitor de recursos (cuadro de “búsqueda”, arriba a la derecha de la subventana de manillas y archivos bajo la actividad de la CPU) para verificar que la ventana de procesos del Explorador sí tenía algo asociado. El Único proceso asociado era la ventana de visualización (Explorer) y parece que sólo estaban allí porque estaban dentro de la lista de carpetas que se mostraban. No había ningún otro proceso activo.
Por lo demás, no había procesos activos utilizando estos archivos o carpetas. Comprobé si había archivos bloqueados u otras cosas extrañas como archivos ocultos o del sistema y no había ninguno. El símbolo del sistema no ayudó. Cada elemento tenía el mismo nombre, y tampoco pude mover la carpeta principal en DOS. NADA parece explicar por qué no pude borrar la carpeta padre, así que obviamente mi conocimiento de los entresijos es deficiente.
Conseguí utilizar el Explorador de Windows para mover los archivos de cada carpeta a otra carpeta (incluso utilicé los mismos nombres de carpeta, pero no copié el nombre por si había un carácter invisible). Después de mover los archivos, borré las carpetas. Luego los puse todos en una estructura de archivos duplicada justo donde “estaba” la antigua, para ver si podía (pude). Por último, moví la carpeta (y su contenido) a su nuevo destino previsto. ¡Estoy contento! :-)