Si quieres mover el contenido de un directorio de origen y todos sus subdirectorios a un directorio de destino único (es decir, aplanar la estructura de carpetas), es muy fácil y ni siquiera necesitas molestarte con la línea de comandos.
Sólo tienes que ir a la carpeta de origen de nivel superior (cuyo contenido quieres copiar), y en el cuadro de búsqueda del Explorador de Windows escribe * (sólo una estrella o un asterisco). Esto mostrará todos los archivos y subcarpetas de la carpeta de origen. Ahora sólo tiene que ordenar por Tipo para agrupar todos los archivos, seleccionarlos todos, y luego cortar/copiar y pegar en el directorio de destino.
Si tiene archivos ocultos y de sistema también, en Organizar → Carpeta y opciones de búsqueda → Pestaña Ver asegúrese de que Mostrar archivos ocultos… esté seleccionado, y Ocultar archivos de sistema operativo protegidos esté desmarcado.